دوازده اردیبهشت 1364 برای اولین بار تراکت های تبلیغاتی دبیرستان در مشهد مقدس پخش و توزیع شد.  فقط تراکت هم نبود. تبلیغات خیلی گسترده بود . هم مدرسه ی پسرانه و هم مدرسه ی دخترانه.  آن زمان مدرسه ی پسرانه توی بازارچه سراب بود. همان کوچه ی شاهین فر معروف. خــــلاصه  عــدّه ای برای ثبت نام آمدند و تیر ماه 64، اوّلین آزمون ورودی و مصاحبه  ی شفاهی انجام شد. یک تعداد گزینش شدند و مدرسه کار خودش را از همان سال شروع کرد.یکی دو سال بعد بنیان گذار جمهوری اسلامی ایران در دیداری صمیمانه با دانش پژوهان مدرسه عالی شهید مطهری(ره)  آن سخن معروفشان را فرمودند که  « شما خواهر ها و برادر ها که در این مدرسه هستید، برنامه تان را طوری تنظیم کنید که از بین شما مطهری ها و یا یک مطهری پیدا شود. سال 66 بود. دو دانش آموز دبیرستان که به سوی جبهه ها شتافته بودند به شهادت رسیدند . شهید غلامرضا شکری و شهید محسن صنوبری . روحشان شاد  و یادشان پررهرو. ان شاء الله جریانات مختلف زیادی  در طول این سال های مدرسه اتّفاق افتاد که مهم ترین آن ها انتقال مدر سه در سال 76 از حسینیه ی بازارچه سراب به مکان فعلی یعنی قاسم آباد بود. سال 79 در دیدار مسئولان دبیرستان های شهید مطهری(ره) با مقام معظم رهبری، ایشان فرمودند:  «بنده اگر برایم میسّر بود،  همه ی فرزندان خودم و کسانی که من به آن ها دسترسی داشتم و مشورت می کردند را توصیه می کردم که بیایند توی این مدرسه. »  ویژگی هایی که دبیرستان شهید مطهری(ره) را تا به امروز نمونه کرده است، عبارت است از : محیط فرهنگی و قرآنی مدرسه، دانش آموز محور بودن دبیرستان، فعالیت های فرهنگی تشکل های دانش آموزی، ارتباط صمیمانه میان مسئولین و دانش آموزان، تدریس دروس اعتقادی و خاص رشته ی علوم و معارف اسلامی، خروجی های برجسته ی دبیرستان در دانشگاه ها و حوزه های علمیه سراسر کشور و... .  این مختصری بود از تاریخچه و امتیازات دبیرستان شهید مطهری(ره).